想到珊瑚礁很多人都会联想到蔚蓝的天空和海水，事实上，这是珊瑚礁能存在与否的其中两个重要因素。 造礁珊瑚需要共生藻提供的能量，因此水下光线充裕与否是个重要的因素。 

    而深度首先就是个重要的光线限制因子，譬如很少有礁体能在五十公尺以下形成的，因此大部份珊瑚礁都在近岸或沿岸的浅水域形成。另一方面水的混浊度决定了光线能穿透的深度，因此，在河口如中国大陆沿海，台湾海峡等大陆块沿岸，因河川带来的悬浮物过多，光线被阻隔，珊瑚礁很少有形成的机会，反之在小岛四周，例如兰屿、绿岛、东沙等因为没有河川冲积下来的泥砂，常常有发育良好的珊瑚礁。悬浮物除了遮敝光线，一旦沈积在珊瑚上，也会直接造成其死亡。

    因此，河川上游水土保持的成效，会直接影响沿海的珊瑚礁生态系。自然界环环相扣，在此得到一个例证。同样地，海边工程若不注意泥砂的管制，是直接造成附近珊瑚礁浩劫的机制。挡土墙、流砂沟等，都是工程界应用来防止破坏环境的措施。 蔚蓝的海水还有另一层生态上的意义，那就是表示水中营养盐，如氮、磷等很少。

    原来水底有很多海藻会跟珊瑚竞争附着的空间和光线，一旦水中营养盐浓度高，藻类繁生速迅，很快地就把生长缓慢的珊瑚给遮蔽，进而造成珊瑚的死亡。海水中营养盐过多，也会造成海水偏绿，降低光线的穿透，阻碍珊瑚细胞内共生藻光合作用的进行，所以珊瑚礁似乎是自然界中少数会受营养盐破坏的生态系之一。

    在恒春半岛的南湾海域，原本没有河川注入，住民也很少，因此水质清澈。自从游客增加，当地产生的厨余、污水大量增加，迟到都会流到海湾内，这些有机废物，经分解成无机盐后，都成了海藻*好的营养盐。因此目前在南湾有些地区已经有海藻为患的问题。同样的问题也发生在很多以珊瑚礁吸引游客的观光岛。

    亦即由美丽珊瑚礁景观→吸引游客→建观光旅馆→吸引更多游客→海水优养化→海藻取得优势，珊瑚礁衰败，形成一个快速的生态环境演替。而其结果就是脆弱珊瑚礁生态系在短时间内的破坏。为了防止这种演替的现象，有些观光岛屿已经成功地以回收废水，避免排放到海湾中，来有效地保护珊瑚礁，这种方法也值得我们运用在垦丁国家公园内的珊瑚礁生态系上。 

    浮潜在南湾的海面上，向水面下可以轻易地看到上百种各式各样的珊瑚，海绵、海鞘、鱼、贝、虾、蟹...等等生物，每种生物展现各自的形状、颜色、行为，若仔细观察会发现有更多躲藏，隐蔽起来的种类，就算在热带雨林也很难发现如此的景观。相对地，倘若浮潜在没有珊瑚礁的西子湾海面上，如果有幸看到海底，除了砂子以外，几乎是看不到什么生物的。