一个这么有价值的生态系，是否容易遭受人为破坏呢？很不幸地，答案是肯定的。

    大部份珊瑚礁都在靠近陆地的浅水域，因此，很容易受到岸上活动的影响。

    譬如水土保持不佳，大量泥砂冲到海里，会直接造成珊瑚的死亡；

    海岸活动人口太多，排放废水，会造成海湾优养化，导至藻类大量繁生，而造成珊瑚的衰败；

    水上活动也是造成礁体破坏的原因，例如：不当的渔法，如炸鱼、毒鱼，间接破坏珊瑚礁体；
    盗采珊瑚做为水族缸内的宠物，更是直接造成珊瑚礁破坏的因素。

    以恒春半岛的南湾为例，目前珊瑚礁受到的破坏就是来自多方面的。例如：

    一、游客太多，污水未能处理造成优养化。

    二、国家公园海域内，有不法渔民毒鱼、炸鱼、滥捕，甚至公然经销当地的热带鱼。

    三、海胆是珊瑚礁中捕食藻类的重要一员，但也受到贪吃的无知民众严重盗采。

    四、海岸边的工程，如饭店、餐馆常常未能防止泥砂流入海中，而直接造成珊瑚的死亡。

    五、核三厂的热排水造成珊瑚白化，甚至死亡。

    这些问题除了须要管理单位强力执法以外，我们每个个人也都有可以尽力的机会。