肉眼区别黄玉与碧玺，*重要的是碧玺有较强的二色性，而黄玉除粉红色者外，其他色的黄玉二色性都弱；另外，碧玺的双折射强，往往可见双影。 

　　与其相似的宝石有磷灰石、赛黄晶、海蓝宝石、电气石等。*佳的鉴定方法是密度，在二碘甲烷（密度为3.32克/立方厘米）重液中黄玉下沉，上述的相似宝石漂浮。另外，还可用某些黄玉的特有包裹体区分，但是需要用显微镜鉴定。

　　托帕石属一般宝石，其成分为含氟的硅酸盐，硬度为8，常见颜色有无色、粉红色、黄色及蓝色等。容易和黄玉相混的常见宝石主要有水晶、海蓝宝石、碧玺及玻璃仿制品等几种，其中*易相混的是黄色水晶。实际上，除了黄玉更为柔和，略具绒状外观的特征外，肉眼下两者极难区分，这也是为什么黄色水晶在市场上可引致人们对黄色黄玉价值怀疑的根本原因。 

　　托帕石与水晶的原料区分较为容易。黄玉的柱状晶面上有纵的条纹，而水晶则是横的条纹。而对末镶嵌的饰品，比重（手感）也可作为区分的依据，黄玉的比重在3.49以上，而黄色水晶只有2.65左右；用手掂，黄玉有"坠"手的感觉，水晶则较轻。当然，黄玉宝石的光泽柔和，而水晶的光泽则较“冷”，尖锐，依此也可区分。