祖母绿与其他宝石一样，有的也有缺陷，为使其天然美质得到提升，增加它的价值，于是对一些色泽淡、浅、裂隙较多的祖母绿用植物油、雪松油浸注，使其完美。

　　此外，还有用树脂类透明胶充填缺陷的祖母绿，但放大镜下，能发现充填物较厚处会残留气泡，光泽灰暗。还有为了使祖母绿颜色加深，用化学颜料浸染，但高倍放大镜下，也能见到被浸染的祖母绿内部绿色沿裂隙蜘蛛网状分布。

　　绿色宝石与祖母绿的比较： 　　
  
　　绿色电气石：硬度7级，颜色偏黄灰且暗，内部没有三相包裹体。　　
  
　　翡翠：硬度6.5级，油脂至玻璃光泽，半透明至不透明，纤维交织结构，颜色与宝石主体混为一体，没有三相包裹体。

　　绿色玻璃：硬度5级，颜色轻浮，缺少祖母绿色彩特征，内部含有气泡。